일본에서 생활하다 보면 회사원이라도 의료비공제나 연말정산 누락 공제 등을 위해 확정신고(確定申告)를 해야 하는 경우가 있습니다.
하지만 막상 신고하려고 하면 e-Tax는 무엇인지, 어떤 서류를 준비해야 하는지부터 막막하게 느껴질 수 있습니다.
이번 글에서는 회사원이 가장 많이 하는 의료비공제, 기부금공제, 연말정산 누락 공제를 중심으로 e-Tax 신고 방법과 준비물을 순서대로 정리해보겠습니다.
1. 회사원도 확정신고를 하는 대표적인 경우
일반적인 회사원은 회사에서 진행하는 연말정산(年末調整)으로 소득세 정산이 끝나는 경우가 많습니다.
다만 아래처럼 회사에서 처리하지 못했거나, 연말정산에 반영하지 못한 내용이 있다면 확정신고를 할 수 있습니다.
의료비공제를 받고 싶은 경우
후루사토 납세나 기타 기부금공제를 확정신고로 신청하는 경우
주택담보대출공제를 처음 받는 경우
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연말정산에서 생명보험료·지진보험료·사회보험료 공제를 빠뜨린 경우
배우자·부양가족 관련 공제를 빠뜨린 경우
연중 퇴직 후 재취업하지 않아 연말정산을 받지 못한 경우
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부업, 임대, 주식 거래 등 급여 외 소득 때문에 신고가 필요한 경우
확정신고가 의무가 아닌 회사원이라도, 이미 낸 소득세를 돌려받기 위해 환급신고(還付申告)를 할 수 있습니다.
▶︎ 일본 연말정산과 확정신고 차이｜회사원이 놓치기 쉬운 공제·환급·주민세 반영 시점
2. 확정신고는 언제 하나?
소득세 확정신고의 일반적인 기간은 소득이 발생한 다음 해 2월 16일~3월 15일입니다. 실제 마감일은 토·일요일이나 공휴일에 따라 달라질 수 있으므로, 신고하는 해의 국세청 안내를 확인하는 것이 좋습니다.
예를 들어 2026년에 발생한 소득은 일반적으로 2027년 2월 중순부터 3월 중순 사이에 신고합니다.
다만 의료비공제나 연말정산 누락 공제처럼 환급만 받기 위한 신고라면, 일반 신고 기간보다 앞서 진행할 수 있습니다.
환급신고는 원칙적으로 해당 소득이 발생한 다음 해 1월 1일부터 5년 안에 할 수 있습니다.
예를 들어 2025년분 의료비공제를 놓쳤다면, 2026년 1월 1일부터 2030년 12월 31일까지 환급신고를 검토할 수 있습니다.
단, 확정신고 의무가 있는 사람은 일반 신고 기한을 넘기지 않도록 주의해야 합니다.
3. 신고 전에 준비할 자료
확정신고는 신고 이유에 따라 준비물이 달라집니다. 그래도 회사원이 가장 자주 준비하는 자료는 아래와 같습니다.
① 기본적으로 준비할 것
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회사에서 받은 원천징수영수증(源泉徴収票)
본인의 마이넘버카드 또는 마이넘버 확인 자료
환급금 수령용 본인 명의 계좌 정보
이전 직장이 있다면 이전 회사의 원천징수영수증
부업이나 기타 소득이 있다면 해당 소득을 확인할 자료
② 공제별로 추가로 필요한 자료
| 신고 내용 | 주로 준비하는 자료 |
|---|---|
| 의료비공제 | 의료비 내역, 의료비공제 명세서, 의료비 영수증 |
| 후루사토 납세·기부금공제 | 기부금 영수증 또는 기부금 증명서 |
| 생명보험료·지진보험료 | 보험회사 공제증명서 |
| 국민연금·국민건강보험료 | 납부 확인 자료 또는 납부증명서 |
| iDeCo | 소규모기업공제등 납입금 증명서 |
| 주택담보대출공제 첫해 | 대출 잔액증명서, 부동산 관련 서류 등 |
| 부양가족·배우자 관련 공제 | 가족의 소득·생계 관계를 확인할 자료 |
③ 의료비 영수증은 바로 버리지 마세요
의료비공제를 신청할 때는 영수증을 그대로 세무서에 제출하는 방식이 아니라, 의료비공제 명세서(医療費控除の明細書)를 작성합니다.
다만 세무서에서 확인을 요청할 수 있으므로, 의료비 영수증은 확정신고기한 등으로부터 5년간 보관해야 합니다.
4. 신고서는 어디서 작성하나｜국세청 작성 코너 이용
처음 확정신고를 하는 회사원이라면, 국세청의 확정신고서등 작성 코너(確定申告書等作成コーナー)를 이용하는 방법이 가장 편합니다.
▶︎ 국세청: 확정신고서등 작성 코너(確定申告書等作成コーナー)
화면 안내에 따라 급여와 공제 내용을 입력하면 세액이 자동 계산되고, 필요한 명세서도 함께 작성할 수 있습니다.
작성 후에는 다음 중 하나를 선택할 수 있습니다.
-
e-Tax로 온라인 전송
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신고서를 출력해 우편 또는 관할 세무서에 제출
5. 국세청 e-Tax로 온라인 제출하기
① e-Tax에 필요한 것
마이넘버카드 방식으로 e-Tax를 이용하려면 보통 아래를 준비합니다.
마이넘버카드
마이넘버카드를 읽을 수 있는 스마트폰 또는 카드리더기
마이나포털 앱(マイナポータルアプリ)
카드 발급 때 설정한 전자증명서 비밀번호 2종
비밀번호를 잊었거나 전자증명서 유효기간이 끝난 경우에는 신고 직전에 막힐 수 있습니다. 확정신고 시즌이 시작되기 전에 미리 로그인 가능 여부를 확인해 두는 편이 좋습니다.
마이넘버포털 연계를 이용하면 원천징수영수증, 의료비, 후루사토 납세 등 일부 자료를 자동으로 불러올 수 있는 경우도 있습니다. 다만 자동 연계되는 자료의 종류와 조건은 신고 내용과 제출 기관에 따라 다르므로, 실제 보유한 원천징수영수증이나 증명서와 함께 확인해야 합니다.
② e-Tax 기본 흐름
아래는 국세청 확정신고서등 작성 코너의 일반적인 흐름을 바탕으로, 회사원이 급여소득과 공제 내용을 입력하는 경우를 기준으로 정리한 것입니다. 실제 화면 구성과 항목명은 신고 연도, 이용 기기, 신고 내용에 따라 달라질 수 있습니다.
• 신고할 연도를 선택합니다
확정신고서등 작성 코너에서 신고할 소득 연도를 선택합니다. 예를 들어 2026년 초에 2025년 소득을 신고한다면 2025년을 선택합니다.
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• 소득세 신고를 선택합니다
회사원이라면 일반적으로 所得税及び復興特別所得税 신고를 선택합니다.
사업소득·부동산소득·주식 양도소득 등이 있다면 입력 화면과 필요한 서류가 달라질 수 있으므로, 해당 항목을 정확히 선택해야 합니다.
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• 급여 소득을 입력합니다
원천징수영수증을 보면서 지급금액, 급여소득공제 후 금액, 원천징수세액, 사회보험료 등 금액, 이미 연말정산에서 반영된 공제 내용을 입력합니다.
회사원이 확정신고를 할 때 가장 중요한 자료는 원천징수영수증입니다. 숫자를 입력할 때는 급여명세서가 아니라 원천징수영수증을 기준으로 확인하는 것이 좋습니다.
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• 받을 공제를 입력합니다
신고 이유에 맞는 공제를 입력합니다.
예를 들면 의료비공제, 기부금공제·후루사토 납세, 생명보험료·지진보험료, 직접 낸 국민연금·국민건강보험료, 부양가족·배우자 관련 공제, 주택담보대출공제 등을 입력하면 됩니다.
이미 연말정산에서 반영된 내용을 다시 입력하는 경우도 있으므로, 원천징수영수증과 입력 화면을 비교하면서 진행하세요.
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• 계산 결과를 확인합니다
입력이 끝나면 추가 납부인지, 환급인지가 표시됩니다.
환급이 나오는 경우에는 본인 명의 계좌 정보를 입력합니다. 계좌번호를 잘못 입력하면 환급이 늦어질 수 있으므로 금융기관명·지점명·계좌번호·명의를 한 번 더 확인하세요.
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• e-Tax로 전송하거나 출력합니다
마이넘버카드를 이용해 전송하면 온라인 신고가 완료됩니다.
다만 신고 내용에 따라 e-Tax 전송 후에도 별도로 제출해야 하는 첨부서류가 있을 수 있습니다. 제출 후에는 접수 결과와 함께 별도 제출 서류가 있는지 확인해 두세요.
온라인 전송이 어렵다면 작성한 신고서를 출력해 관할 세무서에 우편 또는 방문으로 제출할 수 있습니다.
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• 신고서와 접수 결과를 저장합니다
신고가 끝나면 제출한 확정신고서 PDF 또는 출력본, e-Tax 접수 결과, 원천징수영수증, 공제 증명서와 영수증, 환급금 입금 내역 또는 납부 기록을 버리지 말고 저장해 두세요.
다음 해 주민세 결정통지서를 확인하거나, 비자 갱신·영주권 신청 등으로 납세 관련 자료가 필요할 때 도움이 될 수 있습니다.
6. 마이넘버카드가 없다면｜출력·우편 제출 방법
마이넘버카드가 없거나 e-Tax 사용이 어렵다면, 국세청 작성 코너에서 신고서를 작성한 뒤 출력해 제출할 수 있습니다.
진행 순서는 아래와 같습니다.
① 확정신고서등 작성 코너에서 신고서를 작성합니다.
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② 작성한 신고서를 PDF로 저장하거나 출력합니다.
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③ 필요한 첨부 서류와 본인확인 관련 서류를 확인합니다.
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④ 주소지 관할 세무서에 우편으로 보내거나 직접 제출합니다.
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⑤ 신고서 사본과 우편 발송 기록을 보관합니다.
서면 제출 시 필요한 첨부 자료는 신고 내용에 따라 달라질 수 있습니다. 특히 마이넘버 기재와 본인확인 서류는 제출 방법에 따라 확인할 내용이 있으므로, 해당 연도의 국세청 안내서를 함께 확인하세요.
확정신고서 양식과 작성 안내는 국세청 홈페이지의 확정신고서등의 양식·안내서(確定申告書等の様式・手引き等)에서 신고 연도별로 확인할 수 있습니다. 소득세 확정신고서, 의료비공제 명세서, 기부금공제 관련 서류, 주택담보대출공제 관련 서류 등을 얻을 수 있습니다.
▶︎ 국세청: 확정신고서등의 양식·안내서(確定申告書等の様式・手引き等)
세무서에 직접 방문해 상담을 받고 싶다면, 확정신고 시즌에는 예약 또는 입장정리권이 필요한 경우가 있습니다. 방문 전에 관할 세무서의 최신 안내를 확인하는 편이 좋습니다.
7. 제출 후 확인할 것
① 환급이 나오는 경우
환급신고를 했다면, 신고서에 입력한 본인 명의 계좌로 환급금이 들어옵니다.
e-Tax에서는 환급신고 후 일정 기간이 지나면 환급금 처리 상황을 확인할 수 있습니다. 다만 실제 입금 시점은 신고 내용과 처리 상황에 따라 달라질 수 있습니다. 환급금이 예상보다 늦어지거나 계좌로 들어오지 않는다면, 입력한 계좌 정보와 신고 상태를 먼저 확인해 보세요.
② 추가 납부가 있는 경우
추가로 낼 세금이 있다면 납부 기한과 납부 방법을 확인해야 합니다.
e-Tax, 인터넷뱅킹, 신용카드(수수료 발생), QR코드 납부, 계좌이체 등 이용 가능한 방식은 신고 연도와 세금 종류에 따라 달라질 수 있습니다. 납부 방법별 수수료 여부도 함께 확인하세요.
③ 주민세는 다음 해에 반영될 수 있습니다
확정신고에서 반영한 소득과 공제 내용은 이후 주민세 계산에도 사용됩니다.
회사원이라면 일반적으로 다음 해 6월부터 주민세 특별징수액이 달라질 수 있습니다. 주민세가 왜 다음 해에 달라지는지, 퇴직 후 고지서가 오는 이유는 아래 글에서 확인할 수 있습니다.
▶︎ 일본 주민세란?｜6월 고지서가 온 이유와 급여명세서·퇴직 후 납부 방법
8. 외국인이라면 함께 확인하세요
일본에서 생활하는 외국인이라면 일반적인 확정신고 외에도 아래 사항을 한 번 더 확인하는 것이 좋습니다.
① 귀국 예정이라면 환급금 수령 방법을 확인하세요
확정신고 후 환급금이 지급되기 전에 일본을 출국하는 경우에는 환급금을 직접 받을 수 없는 상황이 생길 수 있습니다.
귀국 일정이 확정되어 있다면 납세관리인(納税管理人) 신고가 필요한지, 환급 절차에 영향이 없는지 미리 관할 세무서에 확인하는 것이 좋습니다. 출국 전에 신고가 필요한 경우도 있으므로, 귀국 직전에 서두르지 않도록 미리 준비해 두세요.
② 해외에 거주하는 가족은 부양가족 공제 요건이 다를 수 있습니다
부모나 자녀 등 부양가족이 일본 밖에 거주하는 경우에는 국외거주친족(国外居住親族)에 대한 공제 요건을 확인해야 합니다.
예를 들어 16세 미만 자녀는 부양공제 대상이 아니며, 16세 이상 30세 미만 또는 70세 이상 친족은 친족관계서류와 송금관계서류 등이 필요할 수 있습니다. 또한 30세 이상 70세 미만의 국외거주친족은 유학, 장애, 38만 엔 이상 송금 등 일정한 요건에 해당해야 공제 대상이 될 수 있습니다.
친족 관계를 증명하는 서류와 생활비를 송금한 사실을 확인할 수 있는 자료 등이 필요한 경우가 있으므로, 해외 거주 가족을 부양가족으로 신고하려는 경우에는 국세청 안내를 미리 확인하는 것이 좋습니다.
특히 외국어로 된 가족관계 서류나 송금 관련 서류는 일본어 번역문이 필요한 경우가 있으므로, 미리 준비해 두는 것이 좋습니다.
③ 비자 갱신이나 영주권 신청을 앞두고 있다면 신고 자료를 보관하세요
확정신고서, 원천징수영수증, 납세 내역 등은 비자 갱신이나 영주권 신청 과정에서 소득과 납세 상황을 설명하는 자료로 활용될 수 있습니다.
신고가 끝난 뒤에는 PDF와 증빙서류를 함께 보관해 두는 것을 추천합니다.
9. 확정신고할 때 자주 하는 실수
① 원천징수영수증 숫자를 잘못 입력하는 경우
급여명세서가 아니라 원천징수영수증을 기준으로 입력해야 합니다. 이직한 해라면 이전 회사와 현재 회사의 원천징수영수증을 모두 확인해야 할 수 있습니다.
② 후루사토 납세(ふるさと納税)를 빠뜨리는 경우
의료비공제 등으로 확정신고를 하는 경우에는, 이미 원스톱 특례를 신청했더라도 후루사토 납세 내역을 확정신고에 함께 입력해야 합니다. 이 부분을 빠뜨리면 기부금공제가 제대로 반영되지 않을 수 있습니다.
③ 의료비 영수증을 너무 빨리 버리는 경우
의료비공제 명세서를 제출했더라도 의료비 영수증은 확정신고 기한 등으로부터 5년간 보관해야 합니다.
④ 연말정산 공제와 확정신고 공제를 중복으로 잘못 입력하는 경우
연말정산에 반영된 보험료나 부양가족 공제도 확정신고 화면에 표시될 수 있습니다. 원천징수영수증을 보면서 이미 반영된 내용과 새로 추가할 내용을 구분하세요.
⑤ 신고서를 제출하고 자료를 남기지 않는 경우
신고서 PDF, 접수 결과, 영수증과 증명서는 나중에 주민세 확인이나 각종 행정 서류 준비에 필요할 수 있습니다. 한 폴더에 모아 보관해 두는 편이 좋습니다.
10. 자주 묻는 질문
Q. 연말정산을 이미 했는데 확정신고를 또 해도 되나요?
가능합니다. 의료비공제, 기부금공제, 주택담보대출공제 첫해처럼 연말정산에서 처리하지 않는 공제가 있거나, 연말정산에서 빠진 공제가 있다면 확정신고로 추가할 수 있습니다.
Q. 마이넘버카드가 없으면 확정신고를 못 하나요?
아닙니다. 마이넘버카드가 없어도 국세청 확정신고서등 작성 코너에서 신고서를 작성한 뒤 출력해 우편 또는 세무서 방문으로 제출할 수 있습니다. 다만 마이넘버카드 방식으로 e-Tax 온라인 전송을 하려면 마이넘버카드와 이를 읽을 수 있는 스마트폰 또는 카드리더기 등이 필요합니다.
Q. 의료비 영수증은 모두 입력해야 하나요?
의료비공제를 신청하려면 의료비공제 명세서를 작성해야 합니다.
의료비 통지서를 활용할 수 있는 부분도 있지만, 실제 지출 금액과 다를 수 있으므로 영수증이나 내역을 함께 확인하는 것이 안전합니다.
Q. 환급금은 언제 들어오나요?
처리 기간은 신고 시기와 내용에 따라 달라집니다.
e-Tax로 제출했다면 접수 결과와 환급 처리 상태를 확인할 수 있습니다. 환급 계좌는 반드시 본인 명의 계좌로 정확하게 입력하세요.
Q. 확정신고를 하면 주민세 신고도 따로 해야 하나요?
일반적으로 소득세 확정신고를 했다면 같은 내용을 주민세 신고서로 다시 제출할 필요는 없는 경우가 많습니다.
다만 소득세 확정신고가 필요 없는 소득이라도 주민세 신고가 필요한 경우가 있을 수 있으므로, 부업이나 기타 소득이 있다면 거주지 지자체의 안내도 함께 확인하세요.
마무리
확정신고는 처음에는 어려워 보이지만, 회사원이라면 대부분 아래 순서로 시작하면 됩니다.
원천징수영수증과 공제 자료 준비
→ 국세청 확정신고서등 작성 코너에서 입력
→ e-Tax 전송 또는 출력 제출
→ 신고서와 증빙 자료 보관
처음부터 모든 공제와 세금 용어를 이해하려 하기보다, 먼저 “왜 신고하는지”와 “어떤 자료가 필요한지”를 정리한 뒤 화면 안내에 따라 하나씩 입력해 보세요.
부업 소득이 있는 경우, 주식·부동산 소득이 있는 경우, 해외 가족을 부양가족으로 넣는 경우, 귀국 예정인 경우에는 개인 상황에 따라 입력 항목과 제출 서류가 달라질 수 있습니다.
연말정산과 확정신고 중 어느 절차를 이용해야 하는지 헷갈린다면, 아래 글에서 공제별 처리 방법부터 확인해 보시면 좋습니다.
▶︎ 일본 연말정산과 확정신고 차이｜회사원이 놓치기 쉬운 공제·환급·주민세 반영 시점
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※ 본 글은 2026년 7월 기준으로 작성되었습니다. 확정신고 기간, e-Tax 화면, 제출 방법, 공제 요건과 필요한 서류는 매년 달라질 수 있습니다. 신고 전에는 반드시 국세청의 신고 연도별 최신 안내를 확인하세요.
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