일본 회사에 다니다 보면 가을이나 연말 무렵에 회사에서 여러 장의 세금 서류를 받게 됩니다.
부양가족은 있는지, 보험료는 냈는지, 배우자 소득은 얼마인지 등을 적어 제출하다 보면 이런 생각이 들 수 있습니다.
“회사에 내는 서류가 확정신고 아닌가?”
“연말정산을 했는데 또 확정신고를
해야 하나?”
“의료비나 후루사토 납세는 어디에 입력해야 하지?”
“환급받는
돈과 다음 해 주민세는 어떤 관계가 있지?”
결론부터 말하면, 연말정산과 확정신고는 같은 절차가 아닙니다. 연말정산(年末調整)은 회사가 해주는 소득세 정산이고, 확정신고(確定申告)는 본인이 세무서 또는 e-Tax에 직접 하는 신고입니다.
일반적인 회사원은 연말정산으로 소득세 정산이 끝나는 경우가 많습니다. 다만 연말정산에서 빠진 공제가 있거나, 의료비공제·기부금공제·주택담보대출공제(住宅ローン控除) 첫해처럼 회사에서 처리하지 않는 항목이 있다면 확정신고가 필요할 수 있습니다.
이 글에서는 복잡한 세율 계산보다, 회사원이 매년 무엇을 회사에 내고 무엇을 확정신고로 보완하는지 중심으로 정리해 보겠습니다.
1. 연말정산·확정신고·환급신고 차이
먼저 자주 나오는 일본 세금 용어부터 정리해 보겠습니다.
| 용어 | 누가 처리하나 | 간단한 뜻 |
|---|---|---|
| 원천징수(源泉徴収) | 회사 | 월급에서 소득세를 미리 공제하는 것 |
| 연말정산(年末調整) | 회사 | 1년간 미리 낸 소득세를 다시 계산해 정산하는 것 |
| 확정신고(確定申告) | 본인 | 소득과 공제를 세무서 또는 e-Tax에 직접 신고하는 것 |
| 환급신고(還付申告) | 본인 | 이미 많이 낸 소득세를 돌려받기 위한 확정신고 |
| 주민세 신고(市民税・県民税申告) | 본인·지자체 | 주민세 계산을 위해 지자체에 소득 등을 신고하는 것 |
① 연말정산은 회사가, 확정신고는 본인이 합니다
연말정산은 매달 급여에서 원천징수된 소득세와 실제 1년치 소득세를 맞추는 정산 절차입니다. 일반적으로 회사에 扶養控除等申告書(부양공제 등 신고서)를 제출한 직원이 대상이 됩니다.
반면 확정신고는 본인이 소득과 공제를 직접 신고하는 절차입니다. 세무서(税務署)에 제출하거나, e-Tax를 이용해 온라인으로 진행합니다.
따라서 둘의 관계는 아래처럼 이해하면 쉽습니다. 연말정산은 회사가 처리하는 기본 정산, 확정신고는 필요한 경우 본인이 추가·수정하는 최종 신고입니다.
최근 일본 세무서는 스마트폰과 마이넘버카드를 이용한 e-Tax 신고를 권장하고 있습니다.
② 주민세 특별징수는 또 다른 개념입니다
주민세 특별징수(特別徴収)는 회사가 주민세를 급여에서 공제해 지자체에 납부하는 방식입니다.
연말정산이나 확정신고와 달리, 특별징수는 세금을 정산하는 절차가 아니라 주민세를 내는 방법입니다.
주민세가 왜 6월부터 급여에서 빠지는지, 퇴직 후 고지서가 왜 오는지는 아래 글에서 자세히 정리했습니다.
▶︎ 일본 주민세란?｜6월 고지서가 온 이유와 급여명세서·퇴직 후 납부 방법
2. 연말정산은 무엇이고, 회사에 무엇을 내나?
회사원은 매달 급여를 받을 때 소득세를 미리 냅니다. 하지만 부양가족, 배우자 소득, 보험료, 직접 낸 국민연금 등 개인 상황은 사람마다 다릅니다.
그래서 회사는 연말에 관련 서류를 받아, 그해 실제로 내야 할 소득세를 다시 계산합니다. 이것이 연말정산입니다.
① 회사에서 자주 받는 서류
회사마다 이름이나 제출 방식은 조금씩 다르지만, 보통 아래와 같은 서류를 받게 됩니다.
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扶養控除等（異動）申告書: 부양가족, 장애인공제, 한부모공제 등 관련 신고서
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基礎控除申告書: 기초공제 관련 신고서
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配偶者控除等申告書: 배우자공제·배우자특별공제 관련 신고서
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保険料控除申告書: 생명보험료, 지진보험료, 사회보험료, iDeCo 등 관련 신고서
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住宅借入金等特別控除申告書: 주택담보대출공제를 2년 차 이후 연말정산에서 받는 경우의 서류
국세청은 연말정산에서 이런 신고서를 회사에 제출해 각종 공제를 반영하도록 안내하고 있습니다.
② 회사가 모르는 내용은 자동으로 반영되지 않습니다
월급에서 자동으로 빠진 건강보험료·후생연금보험료 등은 회사가 알고 있으므로 일반적으로 자동 반영됩니다.
하지만 회사가 알기 어려운 정보는 본인이 확인하고 제출해야 할 수 있습니다.
예: 직접 낸 국민연금보험료, 직접 낸 국민건강보험료, 생명보험료·지진보험료, iDeCo 납입액, 배우자나 부양가족의 변동, 주택담보대출공제 관련 서류 등
특히 퇴직, 이직, 육아휴직, 배우자의 근무 형태 변화처럼 가족의 소득이나 보험료 납부 상황이 달라진 해에는 평소보다 꼼꼼히 확인하는 편이 좋습니다.
3. 회사원도 확정신고가 필요한 경우
일반적인 회사원은 연말정산으로 끝나는 경우가 많지만, 확정신고가 필요한 경우도 있고, 의무는 아니지만 환급을 위해 신고하면 좋은 경우도 있습니다. 소득세 확정신고의 기본 기간은 일반적으로 전년도 소득에 대한 신고는 다음 해 2월 중순부터 3월 중순까지 진행됩니다.
① 확정신고가 의무가 될 수 있는 대표 사례
아래는 회사원에게 자주 해당하는 예시입니다.
연간 급여 수입이 2,000만 엔을 초과하는 경우
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두 곳 이상에서 급여를 받고, 연말정산되지 않은 급여와 다른 소득의 합계가 일정 기준을 넘는 경우
급여 외 소득이 일정 기준을 넘는 경우
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사업·임대·주식 거래 등 급여 외 소득이 있다면, 소득 종류·금액·원천징수 여부에 따라 확정신고 대상인지 확인해야 하는 경우
국세청은 급여 2,000만 엔 초과, 복수 회사 급여, 급여 외 소득 등이 있는 경우를 확정신고 대상의 대표 사례로 안내합니다. 다만 소득 종류와 금액, 공제 적용 여부에 따라 예외가 많으므로 “회사원이면 무조건 확정신고를 안 해도 된다”고 생각하면 안 됩니다.
② 의무는 아니지만 환급을 위해 신고할 수 있는 경우
확정신고 의무가 없어도, 이미 낸 소득세가 많다면 환급신고(還付申告)를 통해 돌려받을 수 있습니다.
회사원이 환급신고를 검토할 수 있는 대표 사례는 다음과 같습니다.
연중 퇴직 후 재취업하지 않아 연말정산을 받지 못한 경우
의료비공제를 받고 싶은 경우
기부금공제나 후루사토 납세를 확정신고로 처리하는 경우
주택담보대출공제를 처음 받는 경우
연말정산에서 보험료나 부양가족 공제를 빠뜨린 경우
환급신고는 일반적으로 해당 연도의 다음 해 1월 1일부터 5년 안에 제출할 수 있습니다. 예를 들어 2025년분 연말정산에서 보험료 공제를 빠뜨렸다면, 이후 확정신고로 보완해 소득세 환급을 받을 수 있는지 확인해 볼 수 있습니다.
③ “부업 소득 20만 엔 이하면 신고 안 해도 된다”는 말의 주의점
회사원에게는 급여 외 소득이 20만 엔 이하라면 소득세 확정신고가 필요 없는 경우가 있다는 설명이 자주 나옵니다. 하지만 이것만 보고 아무 신고도 하지 않아도 된다고 판단하면 위험할 수 있습니다.
가와사키시를 비롯한 일본의 대부분 지자체에서는 급여 외 소득이 20만 엔 이하라 소득세 확정신고가 면제되더라도, 주민세는 별도로 신고해야 한다고 안내합니다. 주민세는 소득세와 신고 기준이 완전히 같지 않기 때문입니다. 거주지 지자체의 안내를 반드시 함께 확인하세요.
4. 공제 항목은 어디에서 처리할까?
공제마다 처리하는 곳이 다릅니다. 아래 표는 회사원 기준으로 자주 확인하는 항목을 정리한 것입니다.
| 항목 | 주로 처리하는 곳 | 확인할 점 |
|---|---|---|
| 배우자·부양가족 관련 공제 | 연말정산 | 가족의 소득·부양 상태 변동 확인 |
| 생명보험료·지진보험료 | 연말정산 | 보험회사 공제증명서 확인 |
| 국민연금·국민건강보험료 등 | 연말정산 또는 확정신고 | 본인이 직접 낸 금액인지 확인 |
| iDeCo 등 | 연말정산 | 납입 증명서 제출 여부 확인 |
| 의료비공제 | 확정신고 | 의료비공제 명세서 작성 |
| 기부금공제·후루사토 납세 | 확정신고 또는 원스톱 특례 | 확정신고 여부에 따라 방법 확인 |
| 주택담보대출공제 첫해 | 확정신고 | 첫해에는 원칙적으로 직접 신고 |
| 주택담보대출공제 2년 차 이후 | 연말정산 가능 | 회사 제출 서류 확인 |
| 연말정산에서 빠진 공제 | 확정신고 | 원천징수영수증과 증빙 비교 |
① 직접 낸 사회보험료는 놓치기 쉽습니다
사회보험료공제는 본인뿐 아니라, 생계를 같이하는 배우자나 가족의 사회보험료를 실제로 낸 경우에도 적용될 수 있습니다.
예를 들어 배우자나 가족의 국민연금보험료·국민건강보험료를 본인이 실제로 납부했다면, 누구 명의의 보험료인지뿐 아니라 실제로 누가 납부했는지를 확인해 볼 필요가 있습니다.
다만 가족 관계와 생활비 부담 방식, 납부 사실에 따라 판단이 달라질 수 있으므로, 애매한 경우에는 국세청 안내나 세무서 상담을 통해 확인하는 편이 안전합니다.
② 의료비공제는 확정신고에서 처리합니다
의료비공제는 회사 연말정산에서 처리하는 항목이 아닙니다.
본인뿐 아니라 생계를 같이하는 배우자나 가족을 위해 실제로 낸 의료비가 있는 경우, 요건을 충족하면 확정신고를 통해 의료비공제를 받을 수 있습니다. 의료비공제 명세서를 제출해야 하며, 영수증은 원칙적으로 5년간 보관해야 합니다.
병원비가 많이 나온 해라면 연말이 지나기 전에 영수증과 의료비 내역을 한곳에 모아두는 습관이 도움이 됩니다.
※ 의료비공제는 실제로 낸 의료비에서 보험금·고액요양비 등으로 보전받은 금액을 뺀 뒤, 원칙적으로 10만 엔을 초과한 부분에 적용됩니다. 다만 총소득금액 등이 200만 엔 미만인 경우에는 10만 엔 대신 총소득금액 등의 5%를 기준으로 계산합니다.
※ 셀프 메디케이션 세제 (セルフメディケーション税制): 병원에 자주 안 가더라도, 드럭스토어에서 특정 일반의약품(감기약, 진통제 등)을 연간 1만 2천 엔 이상 구입했다면 공제받을 수 있는 제도가 있습니다. 셀프메디케이션 세제는 건강검진·예방접종 등 일정한 건강관리 활동을 한 사람이, 대상 표시가 있는 특정 일반의약품을 연간 1만 2천 엔 초과 구입한 경우 적용을 검토할 수 있는 제도입니다. 일반 의료비공제와는 같은 해에 함께 적용할 수 없으므로, 둘 중 유리한 방법을 선택해야 합니다.
③ 주택담보대출공제는 첫해와 그 이후가 다릅니다
주택담보대출공제는 처음 적용받는 해에는 원칙적으로 확정신고가 필요합니다.
다만 요건을 충족해 첫해 신고를 마쳤다면, 2년 차 이후에는 회사 연말정산에서 처리할 수 있는 경우가 있습니다. 세무서에서 보내오는 공제 관련 서류(年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書)를 보관해 회사에 제출해주세요.
5. 가족·보험료에서 놓치기 쉬운 부분
① 자녀가 있다고 무조건 부양공제가 생기는 것은 아닙니다
일반적인 부양공제(扶養控除)는 원칙적으로 16세 이상 부양친족이 대상입니다.
따라서 영유아나 초등학생 자녀가 있다고 해서 소득세의 일반 부양공제가 바로 생기는 것은 아닙니다. 다만 16세 미만 자녀도 회사에 제출하는 부양 관련 서류에 기재하는 칸이 있고, 주민세나 다른 공제 판단에 활용될 수 있으므로 회사 서류의 안내에 따라 빠뜨리지 않고 작성하는 편이 좋습니다.
② 부양가족은 “가족관계”만으로 판단하지 않습니다
배우자공제·부양공제는 가족이라는 사실만으로 자동 적용되는 것이 아닙니다.
각 공제에는 가족의 연령, 소득, 생계 관계 등 여러 요건이 있습니다. 특히 배우자가 파트타임·아르바이트를 시작했거나, 자녀가 성인이 되어 일을 시작했다면 이전과 조건이 달라질 수 있습니다.
세법상 소득 기준과 공제액은 개정될 수 있으므로, 매년 회사가 배포하는 최신 서류와 국세청 안내를 기준으로 확인하세요. 2025년 세제 개정으로 기초공제·급여소득공제와 일부 부양 관련 요건도 바뀌었습니다.
6. 환급금과 주민세는 언제 반영될까?
연말정산과 확정신고를 했을 때 “돈이 언제 돌아오는지”가 가장 헷갈리기 쉽습니다.
① 소득세는 연말정산 또는 확정신고 후 정산됩니다
회사 연말정산으로 소득세를 많이 냈다는 결과가 나오면, 회사의 급여 처리 일정에 따라 연말 또는 이후 급여에서 환급되는 경우가 많습니다.
확정신고로 환급을 받는 경우에는 신고 후 등록한 계좌로 소득세 환급금이 들어옵니다.
즉, 통장에 실제로 들어오는 환급금은 주로 소득세와 관련된 경우가 많습니다.
② 주민세는 보통 다음 해 6월부터 반영됩니다
연말정산이나 확정신고에서 반영된 소득·공제 정보는 다음 해 주민세 계산에도 활용됩니다.
예를 들어 2025년분 연말정산이나 확정신고 내용은 보통 2026년 6월부터 시작되는 주민세에 반영됩니다. 회사원이라면 특별징수 세액결정통지서를 통해 주민세액을 확인하고, 6월부터 다음 해 5월까지 급여에서 공제되는 구조입니다.
주민세가 이미 결정된 뒤에 확정신고 등으로 내용이 바뀌면, 이후 주민세 결정·변경통지서가 발급될 수 있습니다.
③ 확정신고를 했다면 주민세 신고도 따로 해야 하나요?
일반적으로 소득세 확정신고를 했다면 같은 내용을 주민세 신고서로 다시 제출할 필요는 없습니다.
다만 소득세 확정신고를 하지 않고 주민세 공제만 받으려는 경우, 또는 소득세 신고 의무가 없지만 주민세 신고가 필요한 경우도 있으므로 거주지 지자체 안내를 확인해야 합니다.
7. 후루사토 납세(ふるさと納税)를 했다면 꼭 확인할 점
후루사토 납세는 회사원에게 특히 헷갈리기 쉬운 항목입니다.
① 원스톱 특례를 이용하는 경우
확정신고가 필요 없는 회사원 등이 후루사토 납세를 하고, 기부한 지자체가 5곳 이하이며 필요한 신청(1월 10일까지)을 완료했다면 원스톱 특례를 이용할 수 있습니다.
이 경우에는 소득세 환급이 따로 생기지 않고, 다음 해 6월 이후 주민세가 줄어드는 방식으로 공제가 반영됩니다.
② 다른 이유로 확정신고를 한다면
의료비공제, 주택담보대출공제 첫해, 부업 소득 등 다른 이유로 확정신고를 하게 되면 원스톱 특례는 적용되지 않습니다. 이때는 원스톱 특례를 신청했던 후루사토 납세 내역도 포함해, 모든 기부 내역을 확정신고에 다시 입력해야 합니다. 의료비공제를 위해 확정신고하면서 후루사토 납세 내역을 빼먹는 실수가 생기기 쉬우니 주의하세요.
8. 연말정산 전 체크리스트
연말이 되면 서류가 한꺼번에 오기 때문에, 아래 항목을 미리 확인해 두면 훨씬 수월합니다.
① 가족·소득 관련
배우자의 근무 형태나 소득이 달라졌는지
부양가족의 취업·퇴직·유학 등 변동이 있었는지
자녀 관련 기재란을 빠뜨리지 않았는지
회사에 제출한 가족 정보가 최신인지
② 보험료·연금 관련
생명보험료·지진보험료 공제증명서를 받았는지
직접 낸 국민연금보험료가 있는지
직접 낸 국민건강보험료가 있는지
iDeCo 등 납입 증명서가 있는지
③ 확정신고 여부 확인
의료비가 많이 발생한 해인지
후루사토 납세 또는 다른 기부를 했는지
주택담보대출공제를 처음 신청하는 해인지
연중 퇴직 후 재취업하지 않았는지
연말정산에서 빠뜨린 공제가 있는지
부업이나 임대 등 급여 외 소득이 있는지
④ 보관하면 좋은 서류
원천징수영수증(源泉徴収票)
보험료 공제증명서
국민연금보험료 납부증명서
의료비 영수증과 의료비 내역
기부금 영수증 또는 후루사토 납세 증명서
주택담보대출 관련 서류
퇴직하거나 이직했다면 이전 회사 원천징수영수증
마무리
일본 세금 서류는 이름도 비슷하고 제출 시기도 나뉘어 있어 매년 다시 헷갈리기 쉽습니다. 하지만 회사원이라면 먼저 아래 두 가지만 확인해도 방향을 잡을 수 있습니다.
회사 연말정산에서 처리할 수 있는 항목인가?
회사에서 처리하지 못했거나 빠뜨린 공제가 있는가?
연말정산 서류를 받을 때는 가족 정보와 보험료 증명서만 확인하지 말고, 그해 의료비·후루사토 납세·퇴직·이직·주택 구입처럼 확정신고가 필요한 일이 있었는지도 함께 떠올려 보세요.
다음 글에서는 일본 회사원이 확정신고를 해야 할 때, e-Tax 신고를 위해 무엇을 준비하고 어떤 순서로 작성·제출하면 되는지 화면 흐름에 맞춰 자세히 정리해 보겠습니다.
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※ 본 글은 2026년 7월 기준으로 작성되었습니다. 연말정산 서식, 공제 요건, 소득 기준, 확정신고 기간과 제출 방법은 세법 개정에 따라 달라질 수 있습니다. 실제 신고 전에는 국세청과 거주지 지자체의 해당 연도 최신 안내를 확인하세요.
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